Ухудшение водоемов при эвтрофировании может обусловить значительные экономические потери. Это привело к развитию методов контроля, чтобы замедлить, остановить указанный процесс или даже сделать его обратимым (см. главу 3). Эти методы основаны на правильном использовании информации по балансу биогенных веществ водоема, что достигается двумя путями. Нагрузка водоема специфичными биогенными веществами может быть снижена путем контроля источников фосфора и азота на водосборах. В принципе это легко сделать с точечными источниками, такими, как места сброса сточных вод, но рассредоточенные источники, например стоки с сельскохозяйственных угодий, намного труднее для контроля, хотя и здесь можно достичь определенных результатов. Там, где поступление биогенных веществ практически невозможно контролировать, альтернативой является удаление биогенных веществ из воды, сбрасываемой в водоем, хотя это только временная мера. Во многих программах по восстановлению озер оба метода предлагается использовать одновременно, что может приводить к быстрому улучшению качества воды. С помощью этих методов можно эффективно контролировать искусственное эвтрофирование большинства водоемов.