Структура одиночной молекулы воды установлена весьма точно (рис. 1). Из имеющихся в молекуле 10 электронов (5 пар) одна пара электронов (внутренних) расположена вблизи ядра кислорода, а из остальных четырех пар электронов (внешних) по одной паре обобществлено между каждым из протонов и ядром кислорода, тогда как 2 пары остаются неподеленными и направлены к противоположным от протонов вершинам тетраэдра. Именно эти неподеленные пары играют большую роль в возникновении межмолекулярных водородных связей (рис. 2).