Кристаллическая структура растворимого (цитоплазматического) фермента установлена с разрешением 2,5 А [45]. Карта электронной плотности еще не соотнесена с аминокислотной последовательностью, но, как указывалось в гл. 1, укладка по-липептидной цепи фермента в принципе аналогична укладке цепи лактатдегидрогеназы, хотя малатдегидрогеназа является всего лишь димером с мол. весом 70 ООО. Вероятно, механизм действия обоих ферментов одинаков, поскольку малатдегидрогеназа также содержит важный для катализа остаток гистидина, который может модифицироваться диэтилпирокарбонатом [46]. Два моля NADH (или NAD+) связываются с одинаковым сродством [47]. Кажущаяся отрицательная кооперативность при связывании кофермента, обнаруженная для одного из препаратов фермента, может быть обусловлена тем, что на самом деле в препарате присутствовали две формы [48, 49].[ ...]
В ферменте имеется реакционноспособный остаток цистеина, который легко ацилируется ацилфосфатами с образованием тио-эфира [обратное направление реакции (12.16)] [54]. Первая стадия в приведенной последовательности реакций состоит в образовании полутиоацеталя между цистеином и субстратом. На этой стадии происходит превращение карбонильной группы, трудно поддающейся прямому окислению, в спиртовую группу, легко дегидрирующуюся обычным путем [реакция (12.13)].[ ...]
Комплексы Михаэлиса голофермента с альдегидом или ди-фосфоглицератом и ацилфермента с ортофосфатом в эту схему не включены, поскольку их константы диссоциации слишком высоки, чтобы могло происходить накопление комплексов.[ ...]
Кристаллическая структура голоферментов, выделенных из омара [57] и Bacillus sterothermophilus [58], была установлена с разрешением 2,9 и 2,7 А соответственно, а структура голофермента человека [59] и бактериального апофермента [58] — с низким разрешением. Структура фермент-субстратных комплексов определена с помощью построения моделей для фермента, выделенного из омара, и бактериального фермента [57, 58]. Далее мы всюду будем рассматривать данные, касающиеся только бактериального фермента.[ ...]
Вернуться к оглавлению