Экология СПРАВОЧНИК

Индуцированное соответствие: дополнительные группы в больших по размеру специфичных субстратах участвуют в деформации фермента. Меньшие по размеру неспецифичные субстраты присоединяются преимущественно к неактивной форме фермента. Это приводит к уменьшению ксц ввиду уменьшения продуктивного связывания, однако соответственно уменьшается и /См, поскольку энергия связывания не используется для превращения неактивной конформации в активную.[ ...]

Известно довольно много примеров, когда добавление к ферментам субстратов и ингибиторов сопровождается измене нием флуоресценции и кругового дихроизма, что свидетельствует об индуцируемых в ферментах конформационных изменениях [21]. Во многих случаях эти процессы исследованы методами изучения быстрых реакций. Однако полученные данные, как правило, нельзя объяснить в рамках какого-либо конкретного механизма.[ ...]

Наиболее обширная информация получена при исследовании кристаллических ферментов методом рентгеноструктурного анализа.[ ...]

Связывание субстрата также, по-видимому, не сопровождается его деформацией. Рентгеноструктурные исследования комплекса трипсина и ингибитора осложняются деформацией ингибитора в отсутствие фермента [33], однако исследования методом ЯМР присоединения небольших субстратов к химотрипсину указывают на отсутствие деформации этих субстратов [34].[ ...]

Использование энергии связывания уходящей группы, по-видимому, может рассматриваться как пример стабилизации переходного состояния. При связывании происходит лишь небольшая деформация фермента или субстрата (возможно, эта деформация и вообще отсутствует), однако уходящая группа не вполне соответствует своему центру связывания до тех пор, пока не образуется переходное состояние.[ ...]

Механизм действия сериновых протеаз очень хорошо иллюстрирует смысл концепции стабилизации переходного состояния. Примеры реализации механизмов деформации и индуцированного соответствия обсуждаются в гл. 12 (последний механизм рассмотрен на примере функционирования карбоксипептидазы, папаина и глюкозо-6-фосфат—изомеразы, а напряжение — на примере папаина).[ ...]

Рисунки к данной главе:

Геометрические ограничения при ферментативном катализе, возникающие вследствие того, что катализатор (К) и сольватирующие группы (ЫН) являются составной частью фермента. Зачерненные конусы показывают допустимые углы орбитального перекрывания при образовании водородных связей; (1 — межатомное расстояние. Слева

Вернуться к оглавлению