Зная механизм органической реакции, можно получить представление о структуре переходного состояния ферментативной реакции, синтезировать соединения, близкие к переходному состоянию субстрата, и сравнить присоединение к ферменту этих соединений с присоединением исходного субстрата.[ ...]
Еще более поразительный эффект наблюдается при связывании лактона(Ш) с ¡З-Ы-ацетил-О-глюкозаминидазой. Константа диссоциации комплекса равна 5 -10-7 М, что в 4000 раз меньше Км. для пиранозидного субстрата (2-10 3М) [9].[ ...]
При рацемизации пролина(У1) хиральный атом углерода должен на некоторой стадии стать тригональным. В соответствии с этим соединения VII и VIII связываются в 160 раз прочнее пролина [10, 11].[ ...]
Константа диссоциации тетрагидроуридина (IX) примерно в 10 000 раз меньше констант связывания продуктов реакции— уридина(Х) и аммиака. Вероятно, тетрагидроуридин напоминает промежуточное тетраэдрическое соединение XI [12].[ ...]
Изучение комплементарности фермента переходному состоянию субстрата с использованием аналогов переходного состояния субстрата может быть осложнено наличием «лишних» связей с группами, введенными в молекулу аналога. В гл. 9 было показано, что связывание небольшой группы дает существенный вклад в энергию связывания, когда в процесс вовлекается специфический для этой группы центр связывания. Например, вклад метиленовой группы в энергию связывания может составлять 12 кДж моль-1 (3 ккал-моль-1), а вклад гидроксильной группы за счет образования водородной связи — 25 кДж моль-1 (6 ккал-моль-1). Даже если специфические центры связывания не затрагиваются, большой энергетический вклад могут дать гидрофобные эффекты: замена в фенильном кольце ацетильной группы на атом С1 приводит к 50-кратному увеличению прочности связывания этого кольца в гидрофобном кармане химотрип-сина [13].[ ...]
Вернуться к оглавлению