Прочному связыванию метиленовых групп изолейцил- и ва-лил-тРНК—синтетазами способствует еще один фактор. В том случае, когда валин занимает центр связывания изолей-цил-тРНК—синтетазы, в образующемся комплексе остается незаполненная полость, которая была бы занята добавочной метиленовой группой изолейцина в случае его присоединения к ферменту. Ранее указывалось, что энергия дисперсионного взаимодействия метиленовой группы в кристаллическом углеводороде составляет 8,4 кДж-моль-1 (2 ккал-моль-1). Поскольку плотность упаковки белков такая же, как и плотность упаковки кристаллов [23], наличие полости добавляет к энергии гидрофобной связи метиленовой группы еще 8,4 кДж-моль-1.[ ...]
Абсолютная энергия взаимодействия между ферментом и субстратом зависит от дисперсионных сил и абсолютной энергии водородных и ионных связей. Наиболее прочными из этих связей являются водородные и ионные. Поскольку они, кроме того, стабилизируют образование заряда в переходном состоянии, их роль в катализе особенно велика.[ ...]
Вернуться к оглавлению