Предполагается, что большинство белков можно рассматривать в первом приближении как структуру типа сэндвича, каждый слой которой состоит либо из а-спиралей, либо из р-струк-тур. Недавно Левитт и Чотиа [10] предложили простой и наглядный способ изображения таких структур (рис. 1.9). Упаковка спиральных и складчатых участков происходит за счет стэкинг-взаимодействия боковых цепей аминокислот. Внутренняя область белка имеет плотную упаковку: боковые цепи одного участка встраиваются между боковыми цепями другого, образуя гидрофобное ядро, плотность которого близка к плотности жидкого углеводорода или воска [11]. В этой области мало водородных связей: так, в карбоксипептидазе А их число равно только 17; они соединяют друг с другом 8 спиралей и одну складчатую структуру, т. е. на каждый спиральный участок приходится менее двух водородных связей. Расположенные во внутренней области белка доноры и акцепторы, способные образовывать водородные связи, всегда спарены. Участки, соединяющие друг с другом спирали и слои, обычно доступны для растворителя и непротяженны. Таким образом, глобулярные белки имеют гидрофобное ядро, на поверхности которого расположены заряженные группы.[ ...]
Белки — это не рыхлые, случайным образом сформированные структуры. Их аминокислотные остатки упакованы так же плотно, как и аминокислоты в кристаллах [14—16].[ ...]
Плотность упаковки (часть пространства, занимаемого атомами) для белков составляет примерно 0,75, а для кристаллов эта величина равна 0,7—0,78. Максимальная плотность упаковки сферических частиц равна 0,74, а цилиндрических частиц неограниченной длины — 0,91.[ ...]
Вернуться к оглавлению