Денитрификация в биопленке может протекать даже в том случае, если в свободной воде создаются аэробные условия. Нитрат диффундирует сквозь аэробную часть биопленки, и денитрификация происходит в аноксической зоне. Справа показано, что в отсутствие кислорода скорость денитрификации выше, чем в его присутствии.